همه افرادی که قهوه می نوشند، دچار مشکلات گوارشی یا غرغر شکم نمی شوند، ولی بیشتر افراد مبتلا به سندرم روده ی تحریک پذیر، کولیت زخمی، ورم معده، زخم معده پپتیک، و بیماری کرون با مصرف قهوه متوجه می شوند دستگاه گوارش شان تحریک و مشکلات معده شان وخیم تر می شود.
کم‌کم متوجه خواهید شد، که با نوشیدن قهوه تولید اسید در معده تان افزایش می یابد. این افزایش در ترشح اسید باعث ضعیف شدن دیواره ی معده می شود، و آن را در برابر باکتری ها نظیر (هلیکوباکتر پیلوری، عامل زخم معده) و تخریب بافت معده به وسیله ی آنها آسیب پذیر می کند. و این تاثیرات فقط به معده محدود نمی شوند!
قهوه همچنین می تواند روده ی کوچک را تحریک کند، و باعث ایجاد گرفتگی معده، اسپاسم های شکمی، ابتلا به یبوست و اسهال متناوب (وضعیتی که به سندرم روده ی تحریک پذیر معروف است) می شود. خوشبختانه این ها جزء عوارض جانبی نادر، در مصرف کافئین به شمار می روند.